マヌルネコは生息域全体で、生息地の喪失、採掘活動、放し飼いの犬による脅威に直面している。 標準化された長期モニタリングの欠如により、個体数の傾向を正確に評価することが困難である。 国際的な保全同盟がモニタリングプログラムの実施と人間と野生生物の対立緩和に取り組んでいる。